Penso anch'io che l'unica soluzione per l'assoluta sicurezza dei cuccioli sia tenerli in casa finché non saranno cresciuti oppure realizzare un grande recinto all'aperto, chiuso anche in alto, dove tenere i gattini.
Certo si tratta di soluzioni momentanee, ma capisco che l'idea di far vivere dei cuccioli in questo modo non sia proprio il massimo, ma d'altra parte l'alternativa è lasciare che la natura faccia il suo corso; i predatori sono sempre esistiti, il gatto stesso è un predatore.
I più deboli e indifesi sono destinati spesso a soccombere, è la dura realtà.
Nel caso dei tuoi cucciolini, se le madri non sono in grado di difenderli, temo proprio che ci sia ben poco da fare se non rinchiuderli.

Quanto al veterinario a cui hai mostrato le penne trovate sulla scena del crimine, sappi che il 99,9% dei veterinari non capisce una cippa di uccelli; devi rivolgerti a un veterinario specializzato in avifauna, ma meglio ancora dovresti mostrare le penne a qualche appassionato di uccelli rapaci, però ti consiglio di non partire in quarta raccontando la tua storia e puntando il dito contro i rapaci, altrimenti è facile che ti dicano che non sono penne di rapaci e il perché lo capisci anche tu...

Se alcuni piccoli spariscono di notte, potrebbero essere i rapaci notturni, non la civetta o il gufino, che predano piccoli animali come i topini; penso piuttosto al gufo reale, uccello veramente di grandi dimensioni, quando è in piedi è alto come un normale tavolo di casa.

Se hai ancora le penne, potresti fotografarle e mostrale a noi.

Quanto al fatto che potrebbe trattarsi di un predatore terrestre, nella fattispecie la faina, sappi che questo animale trascorre le ore del giorno nella sua tana, a riposare; esce solo la notte e caccia solo di notte, quindi se i tuoi cuccioli spariscono anche di giorno, non è la faina.

Hai parlato di trappole, e francamente questo mi fa venire la pelle d'oca...sapendo come sono considerate le faine e altri predatori nell'immaginario collettivo...
Quindi, a quali trappole ti riferisci? A quelle per catturarle vive o a lacci e tagliole o altre trappole che uccidono? Perché, soprattutto nel secondo caso, oltre alla crudeltà del gesto e al fatto che sono vietate per legge, ci sarebbe il rischio più che concreto che ci finiscano dentro proprio i tuoi gatti.
Ammesso e non concesso che tu dovessi invece riuscire a catturare viva una faina (anche questo vietato per legge), e certamente nella tua zona ce ne sono, come ce ne sono un po' dovunque, poi cosa ne faresti?
La uccideresti? La libereresti lontano da casa tua? La daresti a qualcuno perché se ne occupasse come meglio crede?
Prima di pensare a soluzioni più o meno drastiche, pensa che anche lei, come le tue gatte, è nel periodo in cui alleva i cuccioli e uccidendola o allontanandola dal suo habitat di vita i suoi figli sarebbero destinati a morte certa.

E inoltre non avresti risolto il problema, perché ci sono di sicuro altre faine, e allora che faresti?
E poi anche catturandola, non avresti la benché minima certezza che sia stata propio lei a predare i tuoi gattini; la certezza l'avresti solo cogliendola materialmente nell'atto predatorio.

Lo ripeto, l'unica soluzione è tenere chiusi i piccoli finché non saranno di taglia tale da non venir predati.
E naturalmente fa' sterilizzare al più presto tutte le gatte intere, in modo che in futuro non sfornino altri cuccioli.