Se il vomito era giallo e liquido senza presenza di cibo poteva dipendere dalla presenza di succhi biliari (può succedere quando sono parecchie ore che il gatto non mangia).
Se però, come sembra, si tratta di episodi isolati non mi pare preoccupante.

Per la carne cruda, la vomita non perché non riesce a digerire i batteri, ma proprio perché, come hai giustamente ipotizzato, mangiando da mesi cibo idrolizzato (in parole povere "predigerito") il suo apparato digerente si è disabituato a digerire il cibo vero, in questo caso la vera carne.
Pian piano si abituerà nuovamente.